전체 글 썸네일형 리스트형 NUMA Pinning of AMD ThreadRipper 7995WX Pro 대부분의 CPU들이 Core의 NUMA Node 배분시 Core Number를 순차적으로 증가시키는데 반하여,7995WX Pro는 괴상한 방법으로 배분을 시킨다. 1. AMD Ryzen Threadripper PRO 5995WX 64-Coresnumactl --hardwareavailable: 4 nodes (0-3)node 0 cpus: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15node 1 cpus: 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31node 2 cpus: 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47node 3 cpus: 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 6.. 더보기 Command line option for MPIRUN PPR :Processes Per Resource Examples--map-by ppr:1:socket1 MPI rank per CPU socket--map-by ppr:2:numa2 MPI ranks per NUMA node--map-by ppr:1:node1 MPI rank per compute node--map-by ppr:4:core4 MPI ranks per core (⚠️ rarely used; oversubscribes CPUs)--map-by ppr:1:numa:PE=161 MPI rank per NUMA node, with 16 cores (OpenMP threads) each Bind toIt tells OpenMPI to pin each MPI process (and possibly .. 더보기 LAMMPS 설치 cmake ../cmake \ -D BUILD_MPI=yes \ -D BUILD_OMP=yes \ -DCMAKE_C_COMPILER=icx \ -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpx \ -DCMAKE_Fortran_COMPILER=ifx \ -D PKG_INTEL=yes \ -D PKG_OPENMP=yes \ -D PKG_GRANULAR=yes \ -D PKG_RIGID=yes \ -D PKG_MOLECULE=yes \ -D PKG_PYTHON=yes \ -D PKG_VTK=yes \ -D PKG_EXTRA-FIX=yes \ -D VTK_DIR=$HOME/local/src/VTK-9.4.1/build \ -D Python_EXECUTABLE=/.. 더보기 pkg-config in NURION Nurion에서 pkg-config를 제공하지만, 버전이 오래되어 문제가 되기도 한다. user단에서 설치를 하면,wget https://pkg-config.freedesktop.org/releases/pkg-config-0.29.2.tar.gztar -xzf pkg-config-0.29.2.tar.gzcd pkg-config-0.29.2./configure --prefix=$HOME/local --with-internal-glibmake -jmake install 패스를 잡아주고,export PATH=$HOME/local/bin:$PATH 확인사살$ which pkg-config~/local/bin/pkg-config$ pkg-config --version0.29.2 더보기 생각해 볼 것 tmux 는 pkg-config로 환경을 찾는다. lib/pkgconfig에서 찾아보면pkgconfig]$ lslibevent_core.pc libevent_extra.pc libevent_openssl.pc libevent.pc libevent_pthreads.pc tmux에 필요한 libevent에 대한 pkg정의 파일인 .pc는 있는데 ncurses는 없다.ncurses를 다시 빌드 하는 수 밖에 없는가? 아래를 체크해보자./configure --prefix=$HOME/local --with-pkg-config-libdir=$HOME/local/lib/pkgconfig --with-termlib --enable-widecmake && make install 더보기 Ncurses ncurses 빌드를 위한 셋업 --enable-widec이 옵션은 한글과 같은 문자를 표시하기 위함이니까 사용 ./configure --prefix=$HOME/local \--with-libtool \--enable-widec \--with-shared \--without-normal \--without-debug \--with-pkg-config \--with-pkg-config-libdir=$HOME/local/lib/pkgconfig \--enable-overwritemake -jmake install ncurses library compile and install 후 환경변수 세팅export CPPFLAGS="-I$HOME/local/include -I$HOME/local/include/.. 더보기 로그파일 검색 방법 config.log 파일에서 "ncurses"를 포함한 라인만 프린트 하기grep -i ncurses config.log 더보기 MPI+OMP in AOCC export OMP_NUM_THREADS=2export OMP_PLACES=coresexport OMP_PROC_BIND=closempirun -np 48 \ --map-by ppr:12:numa:pe=2 \ --bind-to core \ ./lmp -sf omp -pk omp 2 -in in.AK1 FlagMeaning-np 48Use 48 MPI ranks total--map-by ppr:12:numa:pe=212 ranks per NUMA node × 4 = 48 ranks; each gets 2 cores (for OMP)--bind-to coreBinds each rank and its threads to specific physical coresOMP_PLACES=coresEach thr.. 더보기 이전 1 2 3 4 ··· 25 다음