Point Gaussian을 이용한 Sphere의 표시

PARAVIEW에서 Sphere의 실제 크기로 표시하는 방법을 알아보자.

 

MPI Node 4개를 이용하여 Sphere를 생성하였다

YADE의 VTK-Recorder에서 아래와 같이 선언되었으므로, vtu파일에 MPI subdomain 정보가 기록되어 있다.

parallelMode=True

MPI subdomain에 따라 vtu파일을 각각 불러 온다.

해석 시간에 따른 vtu파일의 grouping은 PARAVIEW에서 자동 지원되나, 이를 이용하기 위해서는  파일명이 특정 포맷을 따르도록 변경해주어야 한다. 변경방법은 아래의 링크 참조.

https://nmge.tistory.com/24

 

아래와 같이 불러올 수 있다. 본 예제는 MPI node가 총 4개이므로 0, 1, 2, 3으로 불러왔다.

Pipeline Browser에서 MPI node별로 vtu파일을 불러오자

로딩된 vtu objecct에 대해서, subdomin - Point Gaussian을 선택하면 sphere가 나타난다.

메뉴바에서 선택

모든 sphere의 크기가 같다면, 아래와 같이 Gaussian Radius의 값만 입력해주면 된다.

Properties 창 (0.003이 Sphere의 반경이다)

Sphere radius가 모두 다르다면, scale function을 이용하여야 한다.

우선 radius분포가 어떤지 확인하려면, Layout창에서 SpreadSheet View를 선택하여 새창을 만들어 보자.

신규 Layout창의 생성

클릭하고 들어가서, radii 열을 클릭하면 Max. min. 순서로 sorting이 가능하다. (Sorting이 잘 안되는 듯. 이건 확인 필요) 본 화면의 경우 MPI node 0번의 sheet로 각각의 node에 대해서 이 작업을 진행하여야 한다.

MPI node 0번의 sheet view

radius 최대값은 0.002999, 최소값은 0.00277225로 확인된다.

이제, 위의 분포를 적용하기 위하여, Render view화면의 advancecd properties창(기어 모양의 버튼을 클릭) 으로 넘어간다.

우측 하단의 기어 버튼

아래쪽으로 가다보면, Properties창에서 Point Gaussian이 확인된다.

세팅이 완료된 화면

제일 위에 Gaussian Radius에 SpreadSheet View에서 확인된 최대값을 입력해주고, Use Scale Array를 클릭,

Gaussian Scale Array에서 radii를 선택하면 vtu object의 radius properies로 sphere 크리를 표현해 줄 수 있다.

이때, Use Scale Transfer Function을 클릭해주고 우측 하단의 새로고침을 눌러보면 자동으로 Max. min. 값을 찾아 Range에 때려 박아주는 PARAVIEW의 놀라운? 기능을 체험할 수 있다. (이거 알아내느라 개고생 한걸 생각하면, 메뉴얼은 쓰레기다)

 

Edit를 눌러보면 어떻게 스케일 변환을 하여 화면에 표시할지 함수를 보여주는데, 선형관계이므로 그냥 쓰면 된다. 저거 함부로 클릭하면 원복이 난해해진다.

Scale Transfer Fuction의 확인

대충 오른쪽이 1, 왼쪽이 Rmin/Rmax의 값을 가져야 한다.

 

완성

 

Recipe for good particle sizes w/ PointGaussian.
0. Check the gear button (right upper corner of Properties) to get the advanced settings. choose Point Gaussian->Shader preset: sphere
1. Choose Gaussian Radius as the largest particle radius in the system. you're done for monodisperse systems.
2. if polydisperse, choose use scale array.
3. edit scale transfer function: the right entry should be 1 and the left entry should be Rminimal/Rmaximal.
That's it.