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LIGGGHTS

Log 파일의 이해

Setting up run at Sat Aug 26 15:01:44 2023

Memory usage per processor = 20.5605 Mbytes
    Step    Atoms         KinEng            CPU 
 6000002    19105  6.1995486e-10              0 

Loop time of 76587.3 on 64 procs for 43999998 steps with 19105 atoms, 
finish time Sun Aug 27 12:18:11 2023


Pair  time (%) = 10439 (13.6302)
Neigh time (%) = 0.106643 (0.000139243)
Comm  time (%) = 15698 (20.4969)
Outpt time (%) = 101.219 (0.132161)
Other time (%) = 50349 (65.7406)

Nlocal:    298.516 ave 1039 max 0 min
Histogram: 19 9 9 7 8 4 2 2 0 4
Nghost:    1125.25 ave 3824 max 51 min
Histogram: 18 6 20 0 11 5 0 0 0 4
Neighs:    18479 ave 76322 max 0 min
Histogram: 25 8 11 7 5 2 2 0 1 3

Total # of neighbors = 1182655
Ave neighs/atom = 61.9029
Neighbor list builds = 106
Dangerous builds = 0

Loop time of 76587.3 해석시간 (초)

Pair time : Atom Pair 산정에 사용된 시간 비율

Neigh time : Neighbor list 산정에 사용된 시간 비율 (Neighbor seeking time)

Comm time : Commnucation time에 사용된 시간 비율 (MPI)

Outpt time : 출력에 사용된 시간 비율

Other time : Other fixes

 

Nlocal : processor 당 atom의 개수 : atom이 하나도 없는 process도 있다. (위쪽 빈 부분)

Histogram : Max에 해당하는 processor 19개, min에 해당하는 processor가 4개. (19+9+9+7+8+4+2+2+0+4 = 64)

NGhost : process가 담당하는 영역 경계에 걸치는 atom의 개수

Histogram : Max. Nghost와 min Nghost를 총 10개의 구간으로 나누어 해당되는 porcessor의 개수를 히스토 그램으로 표시함

Neighs : Processor당 atom이 neighboring하고 있는 총합 (cf, Ave neighs/atom은 atom 1개 당)

Histogram : Max. neighbor개수와 min neighbor개수를 총 10개의 구간으로 나누어 해당되는 porcessor의 개수를 히스토 그램으로 표시함

 

Total : 전체 모델의 neighbor list 개수

Ave neighs/atom : Atom 1개당 neighbor atom의 개수. 6개가 가상 이상적이나. 이는 동일 Diameter인 경우.

                                Large Diameter Atom주위에 작은 diameter atom들이 있을 경우 증가한다.

                                Neighbor skin distance를 줄일 수록 이 값은 줄어들며, neighbor seeking time을 줄일 수 있다.

 

총평 : Communication time의 비율이 20% 이다. 코어를 더 적게 사용하는게 나을 듯

Neighbor time은 아주 작다. neighbor skin distance는 적절하다.

 

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